ภาควิชาเวชศาสตร์ฉุกเฉิน คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี ก่อตั้งตั้งแต่ปี พ.ศ.2512 ซึ่งในขณะนั้นเรียกว่า หน่วยเวชศาสตร์ฉุกเฉิน เปิดให้บริการผู้ป่วยพร้อมกับเปิดคณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อให้บริการตรวจรักษาผู้ป่วยตลอด 24 ชั่วโมง แก่ผู้ป่วยที่มาขอรับบริการ ณ ห้องฉุกเฉินด้วยอาการรุนแรงและรีบด่วน ซึ่งต้องได้รับการตรวจรักษาทันที นอกจากนี้ ยังเป็นแหล่งเรียนรู้ของนักศึกษาแพทย์ แพทย์ประจำบ้าน นักศึกษาพยาบาล ตลอดจนหลักสูตรสำหรับนักศึกษาจากต่างประเทศที่เข้ามาเรียนรู้ด้านการรักษาพยาบาลผู้ป่วย รวมทั้งเป็นแหล่งข้อมูลที่แพทย์และอาจารย์แพทย์จากภาควิชาต่างๆ ใช้ทำการวิจัยทางด้านการรักษาผู้ป่วย ตลอดจนผลิตนวัตกรรมทางด้านการรักษาผู้ป่วยอีกด้วย หน่วยเวชศาสตร์ฉุกเฉิน ในระยะเวลาที่ผ่านมาขึ้นตรงต่อสำนักงานคณบดี โดยมีคณบดีเป็นผู้รับผิดชอบการบริหารและการปฏิบัติงาน ประกอบด้วย สำนักงานธุรการหน่วยเวชศาสตร์ฉุกเฉิน ห้องฉุกเฉิน หอสังเกตอาการ 1 สำหรับสังเกตอาการผู้ป่วยหญิง จำนวน 23 เตียง ผู้ป่วยเด็ก จำนวน 13 เตียง และหอสังเกตอาการ 2 สำหรับสังเกตอาการผู้ป่วยชาย จำนวน 23 เตียง
ในปี พ.ศ.2547 ที่ประชุมกรรมการประจำคณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี เห็นชอบให้เปิดการฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านสาขาเวชศาสตร์ฉุกเฉิน เพื่อสร้างองค์ความรู้ในสาขาเวชศาสตร์ฉุกเฉิน ตลอดจนส่งเสริมและสนับสนุนให้เกิดการวิจัยในสาขาเวชศาสตร์ฉุกเฉิน รวมทั้งให้พัฒนาจากหน่วยเวชศาสตร์ฉุกเฉิน เป็นภาควิชาเวชศาสตร์ฉุกเฉิน ต่อมาได้พัฒนาขึ้นเป็นโครงการจัดตั้งภาควิชาเวชศาสตร์ฉุกเฉิน และเป็นภาควิชาเวชศาสตร์ฉุกเฉิน ตามประกาศมหาวิทยาลัยมหิดล เรื่อง การแบ่งหน่วยงานภายในส่วนงานของมหาวิทยาลัย พ.ศ.2553 เมื่อวันที่ 6 กันยายน 2553 และมีหัวหน้าภาควิชาเวชศาสตร์ฉุกเฉินร่วมเป็นกรรมการประจำคณะฯ โดยทำหน้าที่กำกับดูแลบริหารจัดการภาควิชาเวชศาสตร์ฉุกเฉินให้สอดคล้องตามพันธกิจหลักของคณะฯ เดิมภาควิชาเวชศาสตร์ฉุกเฉิน ตั้งอยู่ที่ชั้น 1 อาคาร 2 (ตึกปัจจุบันพยาบาล) และเมื่อวันที่ 3 พฤษภาคม 2553 ได้ย้ายมาอยู่ที่ชั้น 3 อาคารศูนย์อุบัติเหตุและเวชศาสตร์ฉุกเฉิน ซึ่งเป็นอาคารที่ก่อสร้างใหม่และทำพิธีเปิดอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 27 เมษายน 2553