ภาควิชาจักษุวิทยา คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี เริ่มก่อตั้งตั้งแต่เดือนมกราคม พ.ศ. 2508 โดยในระยะแรกเป็นภาควิชาจักษุ โสต นาสิก ลาริงซ์วิทยา โดยมีศาสตราจารย์นายแพทย์อุทัย รัตนิน เป็นหัวหน้าภาควิชา และเป็นผู้วางรากฐานภาควิชาจักษุวิทยา ทั้งนี้มีการแยกการปฏิบัติงานด้านจักษุวิทยา กับงานด้านโสต นาสิก ลาริงซ์วิทยามาตั้งแต่ต้น ต่อมาในปี พ.ศ. 2523 ได้แยกออกเป็นภาควิชาจักษุวิทยาโดยสมบูรณ์ ในระยะเริ่มต้นที่ก่อตั้งภาควิชานั้น ได้รับความช่วยเหลือจากทุนโคลัมโบ ในการจัดหาเครื่องมือ จัดซื้อหนังสือตำราต่าง ๆ รวมทั้งให้ทุนการศึกษาแก่แพทย์ประจำบ้าน และอาจารย์ของภาควิชา
ภาควิชาจักษุวิทยา มีวิสัยทัศน์ที่สอดคล้องกับวิสัยทัศน์ของคณะฯ “ภาควิชาจักษุวิทยา คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล จะเป็นสถาบันจักษุวิทยาชั้นนำของประเทศ และมีคุณภาพระดับสากล”
ค่านิยม และปรัชญา สอดคล้องกับค่านิยมของคณะฯ ได้แก่ “มุ่งเรียนรู้ คู่คุณธรรม ใฝ่คุณภาพ ร่วมสานภารกิจ คิดนอกกรอบ รับผิดชอบสังคม” และมีปณิธานของภาควิชา คือ “เป็นสถาบันผลิตจักษุแพทย์ที่มีคุณภาพ ที่มีการบริหารจัดการที่ดี มีการพัฒนาการศึกษา การบริการ ผลิตงานวิจัยคุณภาพมาตรฐานระดับสากล”